home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9408c.zip / M9480510.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-08-20  |  3KB  |  48 lines
  1.        Document 0510
  2.  DOCN  M9480510
  3.  TI    Three-dimensional quantitative structure-activity relationship of human
  4.        immunodeficiency virus (I) protease inhibitors. 2. Predictive power
  5.        using limited exploration of alternate binding modes.
  6.  DT    9410
  7.  AU    Oprea TI; Waller CL; Marshall GR; Center for Molecular Design,
  8.        Washington University School of; Medicine, St. Louis, Missouri
  9.        63130-4866.
  10.  SO    J Med Chem. 1994 Jul 8;37(14):2206-15. Unique Identifier : AIDSLINE
  11.        MED/94309074
  12.  AB    NewPred, a semiautomated procedure to evaluate alternate binding modes
  13.        and assist three dimensional quantitative structure-activity
  14.        relationship (3D-QSAR) studies in predictive power evaluation is
  15.        exemplified with a series of 30 human immunodeficiency virus 1 protease
  16.        (HIV PR) inhibitors. Five comparative molecular field analysis (CoMFA)
  17.        models (Waller, C. L.; et al. J. Med. Chem. 1993, 36, 4152-4160) based
  18.        on 59 HIV-PR inhibitors were tested. The test set included 18 compounds
  19.        (set A) having a different transition state isostere (TSI),
  20.        hydroxyethylurea (Getman, D. P.; et al. J. Med. Chem. 1993, 36,
  21.        288-291), to investigate the binding mode in P1' and P2'. Twelve
  22.        dihyroxyethylenes (set B) (Thaisrivongs, S.; et al. J. Med. Chem. 1993,
  23.        36, 941-952) were used to investigate binding in P2 and P3 as well as in
  24.        P2' and P3'. Six other compounds with known or inferred binding
  25.        structure (set C) were part of the test set, but not investigated with
  26.        NewPred. Each compound was aligned in accordance to predefined alignment
  27.        rules for the training set prior to the inclusion in the test set
  28.        (except for set C). Using NewPred, geometrically different conformers
  29.        for each compound were generated and individually relaxed in the HIV-PR
  30.        binding site. Energy comparisons allowed selection of lowest energy
  31.        structures to be included in the test set. Only in vacuo minimized
  32.        conformers derived from low-energy complexes were used to determine the
  33.        predictive power of the five models (predictive r2 varied from 0.1 to
  34.        0.7 when two chemical and statistical outliers were excluded). Our
  35.        models correctly predict the poor inhibitor activity of
  36.        1(S)-amino-2(R)-hydroxyindan-containing peptides (set B), which is
  37.        explained and interpreted from a 3D-QSAR perspective. The use of a new,
  38.        flexibility-based, semiautomated method to explore alternate binding
  39.        models for 3D-QSAR models is demonstrated.
  40.  DE    Amino Acid Sequence  Binding Sites  HIV Protease  HIV Protease
  41.        Inhibitors/*CHEMISTRY/PHARMACOLOGY  Models, Molecular  Molecular
  42.        Conformation  Molecular Sequence Data  Structure-Activity Relationship
  43.        Support, U.S. Gov't, P.H.S.  JOURNAL ARTICLE
  44.  
  45.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  46.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  47.  
  48.